Озеро Шалкар расположено в Шалкарском районе Актюбинской области, в юго-западной части города Шалкар. Озеро пополняется водами реки Кауылжыр, берущей начало в Мугалжарских горах.

Озеро находится на высоте 167 метров над уровнем моря. Его площадь составляет от 5,65 до 7,9 км², длина — 7 км, а максимальная ширина — 1,8 км. Северное и северо-восточное побережья озера равнинные, тогда как остальные берега преимущественно обрывистые.

Озеро Шалкар расположено в одной котловине с озером Старый  Шалкар. Ранее они представляли собой единый водоём с солоноватой водой. В 1937 году в результате строительства каменно-бетонной дамбы водоём был разделён на два озера: северо-восточное пресноводное озеро Шалкар и юго-западное солёное озеро Старый Шалкар.